ذكرت المحكمة المركزية في بئر اليبع أنه وفقا للصفقة التي تمت بين المتهم والدولة، تم تصحيح لائحة الإتهام المقدمة ضده، وقد اعترف أبو سيسي بالتهم الموجهة اليه وعليه تمت إدانته بسلسلة طويلة من المخالفات ضد أمن الدولة.

وجاء بلائحة الإتهام، أن المتهم قام بعدة أعمال التي هدفها تحسين وتعزيز وتدعيم القدرات القتالية لحركة "حماس" وكتائب عز الدين القسام، والعمل ضد دولة اسرائيل ومواطنيها.

وجاء أن المتهم تعلم المتهم عام 1995 في أوكرانيا تحت إشراف البروفيسور كونستانتين بيتروفيتش الخبير بآليات الرقابة بصواريخ "سكاد" والذي يدرس بالأكاديمية العسكرية للهندسة في أوكرانيا، وكان البروفيسور قد أشرف على وظيفة الدكتوراة الخاصة بالمتهم في أوكرانيا بالأكاديمية المدنية. وبمساعدة البروفيسور حصل المتهم على تصريح دخول للأكاديمية العسكرية في أوكرانيا، وبالتالي تعلم طرق تطوير الصواربخ.

حاز المتهم على لقب الدكتوراة بموضوع هندسة الكهرباء، وعمل مهندسا بشركة الكهرباء في قطاع غزة. وفي تلك الفترة، انضم المتهم لحركة حماس بشكل سري، مع العلم أنه ممنوع على العاملين بشركة الكهرباء أن يكونوا أعضاء بحركة حماس.

وجاء أيضا أنه بين الأعوام 2002-2008 كان المتهم عضوا بلجنة تابعة لحركة حماس والتي كان يترأسها الفائد محمد ضيف، والتي عملت لتطوير وتحسين صواريخ وقذائف هاون، بينهم "القسام"، "ياسين"، "أبو ياسي"، وبزيادة مدى رمي الصواريخ التي تطلقها حماس على اسرائيل. 

وفي بداية عام 2009، وبعد انتهاء عملية "الرصاص المصبوب"، تم تعيين المتهم مركزا لإقامة أكاديمية عسكرية والتي تقوم بتدريب الضباط والقائدين بحركة حماس للعمل وقت الحرب. وقام المتهم ببناء مخطط الذي كان أساسا لإقامة الأكاديمية العسكرية والمركبة من ثلاثة مجالات: عسكرية، إدارية ودينية.